Сюжетна история в Quantum Conundrum разворачивается в огромном особняке сумасшедшего дяди главного героя. Маленький племянник приехал к родственнику на каникулы, но дома никого не застал. Ребенок был уверен, что с изобретателем что-то случилось, поэтому, собрав волю в кулак, десятилетний малыш отправился на поиски.
Как оказалось, профессор, вследствие неудачного эксперимента, провалился в неизведанное измерение, но перед этим оставил наноперчатку, которая должна помочь мальчику добраться до конечной точки.…